Aux débuts de Star Trek Online, les quadrants Alpha et Bêta étaient des lieux de conflit, de mystère et de danger. La Fédération des Planètes Unies était embourbée dans une guerre meurtrière avec leurs anciens alliés de l'Empire Klingon, s'affrontant aux confins de l'espace et sur la surface d'innombrables planètes. Au milieu de ce conflit intergalactique, les Borgs ont ressurgi. Refusant de servir un intérêt autre que le sien, le Collectif força les deux gouvernements à arranger un cessez-le-feu afin de combattre ces terribles envahisseurs. Après avoir mis leurs différences de côté, les deux factions sont parvenues à repousser les Borgs... pour le moment.

Les Borgs n'étaient que l'une des nombreuses menaces que la Fédération et les Klingons allaient devoir affronter au cours de l'année 2409. La Vraie Voie des Cardassiens sema la terreur dans le quadrant Alpha. Les forces du Dominion revinrent pour prendre le contrôle de la station Deep Space Nine. La Confédération Breen prit d'assaut la planète Déféra. Des légions des redoutables Fek’ihri envahirent l'Empire Klingon, et la présence mortelle de l'Empire terrien de l'Univers Miroir se fit à nouveau sentir aux quatre coins du quadrant.

Pendant que la Fédération et les Klingons faisaient face à d'innombrables ennemis, l'Empire stellaire romulien s'apprêtait à atteindre son point de rupture. Dévastés par la perte de leur planète-mère en 2387, les Romuliens régnaient sur ce qu'il restait de leur empire avec une main de fer. Après des décennies de tyrannie et de souffrances, les forces rémiennes et romuliennes au sein de l'empire se révoltèrent contre l'Impératrice Sela et le sinistre Tal Shiar. Grâce au soutien de la Fédération et des Klingons, les rebelles parvinrent à déclencher une guerre civile.

Alors que le conflit faisait rage au sein des vestiges de l'Empire romulien, la jeune République romulienne fonda une nouvelle colonie et un nouveau foyer sur la planète Dewa III, qui serait bientôt connue sous le nom de Nouveau Romulus. Au final, la Guerre civile romulienne ne fit pas long feu, culminant avec la chute de l'Empire stellaire et l'avènement de la République romulienne.

Et derrière tout cela, une espèce oubliée depuis longtemps patientait dans l'ombre, à l'affût, impitoyable... attendant son heure pour frapper les habitants de la Galaxie.

L'histoire de Star Trek Online - partie 2