Zu Beginn von Star Trek Online waren die Alpha- und Beta-Quadranten geheimnisvolle Orte voller Konflikte und Gefahren. Die Vereinigte Föderation der Planeten war mit ihren ehemals Verbündeten aus dem Klingonischen Reich in einen verbitterten Krieg verwickelt, der unzählige Auseinandersetzungen im Weltraum und dem Boden vieler Welten mit sich brachte. Inmitten dieses galaktischen Tumults kehrten die Borg zurück. Das Kollektiv verursachte bei beiden Fraktionen verheerende Verluste, sodass sich die beiden schließlich auf einen Waffenstillstand einigten, um sich den todbringenden Eindringlingen zu stellen. Nachdem sie ihren Konflikt beiseite gelegt hatten, schafften sie es, die Borg zurückzuschlagen ... vorerst.

Die Bedrohung durch die Borg war nur eine von vielen Herausforderungen, die auf die Föderation und die Klingonen im Jahre 2409 warteten. Streitkräfte der cardassianischen Organisation „Der wahre Weg“ richteten im Alpha-Quadranten verheerenden Schaden an. Streitkräfte der Dominion kehrten zurück, um die Station Deep Space Nine zu besetzen. Die Breen-Konföderation griff den Planeten Defera an. Legionen tödlicher Fek’ihri drangen in das Klingonische Reich ein und das heimtückische Terranische Imperium des Spiegeluniversums hinterließ im ganzen Quadranten seine blutigen Spuren.

Während die Klingonen und die Föderation sich um die Bedrohung der unterschiedlichen Feinde kümmerten, erreichte die Restpopulation des Romulanischen Sternenimperiums ihre Grenze der Belastbarkeit. Die Romulaner waren durch den Verlust ihrer Hauptstadt und Heimatwelt im Jahre 2387 tief bestürzt und regierten, was übrig geblieben war, mit eiserner Faust. Nach Jahrzehnten der Tyrannei und großem Leid, organisierten die remanischen und romulanischen Truppen innerhalb des Imperiums einen Aufstand gegen Kaiserin Sela und die teuflischen Tal Shiar. Durch die Hilfe der Föderation und den Klingonen konnten die Rebellen einen Bürgerkrieg aufhetzen.

Während der Konflikt durch die Überreste des ehemaligen romulanischen Imperiums wütete, gründete die junge Romulanische Republik eine neue Kolonie und Heimatwelt auf dem Planeten Dewa III, später auch bekannt unter dem Namen Neu-Romulus. Letztendlich dauerte der romulanische Bürgerkrieg nicht lange und erreichte ihren Höhepunkt mit dem Niedergang des Sternenimperiums und dem Aufstieg der Romulanischen Republik.

Und danach, verborgen in den Schatten eines weit entfernten Ortes, wartete eine lang vergessene Spezies, die beobachtete ... und sich auf einen tödlichen Angriff auf die ahnunglosen Bewohner der Milchstraße vorbereitete.

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